ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ เผยชุดตรวจ PCR บางยี่ห้อ อาจตรวจจับโควิด “โอไมครอน” ไม่ได้

182

ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ เผยชุดตรวจ PCR บางยี่ห้อ อาจตรวจจับโควิด “โอไมครอน” ไม่ได้

เมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน 2564 ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี เปิดเผยว่า นักวิทยาศาสตร์แอฟริกาได้ “อัปโหลด” รหัสพันธุกรรมทั้งจีโนม (whole genome sequence) ของไวรัสโคโรนา 2019 จำนวนกว่า 125 ตัวอย่างขึ้นบนฐานข้อมูลโควิดโลก “GISAID” เป็นที่เรียบร้อย (ภาพ 4) เพื่อให้นักวิจัยทั่วโลกได้นำไปศึกษาวิจัย เพื่อพัฒนาการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ พัฒนาวัคซีนเพื่อการป้องกัน และพัฒนายาต้านไวรัสเพื่อการรักษา

6ZF30e.jpg

ชุดตรวจ PCR ที่ใช้ตรวจไวรัสโคโรนา 2019 ส่วนใหญ่จะตรวจจีโนมของไวรัส 2-3 ตำแหน่งหรือ 2-3 ยีนบนจีโนมพร้อมกัน ไม่ได้ตรวจเพียงตำแหน่งเดียว เผื่อหากตรวจพลาดไปบางตำแหน่ง ก็ยังมีตำแหน่งอื่นที่ยืนยันผลบวก หรือลบได้

“WHO” เองก็สนับสนุนให้ปรับวิกฤตให้เป็นโอกาส โดยให้สังเกตุผลลบที่ขาดหายไปบางตำแหน่ง เช่นบนยีน S ที่สร้างโปรตีนส่วนหนาม (S dropout หรือ S gene target failure) หากพบว่าขาดหายไปตรวจไม่พบ ให้สงสัยว่าอาจเป็นสายพันธุ์ “โอไมครอน” (ภาพ 1) จากนั้นให้ส่งตัวอย่างดังกล่าวไปถอดรหัสพันธุกรรมเพื่อยืนยันสายพันธุ์ต่อไป

6ZFh8t.jpg

ยีนของไวรัสโคโรนา 2019 ที่ชุดตรวจ PCR นิยมใช้เป็นเป้าหมายในการออกแบบตัวตรวจตาม (PCR primer) มีหลายยีน เช่น M,N,S,E,Orf1ab, RdRp, Orf8, และ Nsp2 (ภาพ 3)

ทางศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี ได้ดาวน์โหลดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ “โอไมครอน” ทั้ง 125 ตัวอย่างมาทดสอบด้วยวิธีชีวสารสนเทศกับตัวตรวจตามของชุดตรวจ PCR ที่ทาง WHO ให้การรับรอง โดยอาศัยโปรแกรมที่ชื่อว่า “Nextclade” (https://clades.nextstrain.org/) ปรากฏว่าจากการวิเคราะห์ผลบน”คอมพิวเตอร์” (ซึ่งต้องยืนยันผลกับตัวอย่างเชื้อไวรัสในห้องปฏิบัติการอีกครั้งหนึ่ง) พบว่าทั้ง 125 ตัวอย่างมีแนวโน้มว่าอาจเกิดปัญหากับชุดตรวจ PCR “บางยี่ห้อ” ไม่ใช่ทุกยี่ห้อที่ WHO ให้รายชื่อไว้ คืออาจให้ผลบวกน้อยทั้งที่มีเชื้อจำนวนมาก หรือเกิดผลลบปลอม (false negative) ได้ในบางยีน โดยอาศัยการตรวจสอบรหัสพันธุกรรมของตัวตรวจตาม (PCR primer) กับส่วนจีโนมของสายพันธุ์โอไมครอนที่กลายพันธุ์ไปว่ายังตรวจจับกันได้หรือไม่ หรือตรวจจับไม่ได้เลยเนื่องจากไวรัสมีการกลายพันธุ์ไปมาก (ภาพ 2)

อย่างไรก็ตามชุดตรวจ PCR ส่วนใหญ่จะตรวจยีน 2-3 ยีนพร้อมกัน การตรวจไม่พบหรือการ “dropout” บางยีน อาจไม่ส่งผลกระทบมากนักเพราะจะมีผลบวกจากยีนตำแหน่งอื่นคอยยืนยัน

ดังนั้นศูนย์รับตรวจโควิด-PCR คงต้องระมัดระวังเลือกใช้ชุดตรวจ PCR ที่ผ่านการทดสอบว่าไม่มีปัญหาในการตรวจจับสายพันธุ์ “โอไมครอน”

6ZF9cl.jpg

Facebook Comments